O TCE-PE realiza diferentes modalidades de auditoria, entre as quais se destacam:
- Auditorias de conformidade - verificam se as ações e decisões da administração pública estão de acordo com a legislação vigente;
- Auditorias operacionais - avaliam o desempenho da gestão pública com foco na eficiência e eficácia das políticas públicas e das ações governamentais .
Essas modalidades de auditoria visam garantir a transparência e a correta aplicação dos recursos públicos, além de identificar áreas de melhoria na administração pública.

